1.در ابتدای امر بایستی شرکت افراد یا کارشناسان خود را برای ممیزی داخلی انتخاب نماید. این کار مستلزم این است که این افراد آموزش های لازم را در مورد پیاده سازی و استقرار استاندارد را طی نموده و نسبت به اصول و قواعد آن آشنایی کامل را داشته باشند.
2.بایستی برنامه ی مدونی نسبت به ممیزی داخلی صورت گیرد و زمان و برنامه ی رسیدگی و ارزیابی فعالیت های سازمان مشخص و از پیش تعیین شود. به عنوان مثال تاریخ و زمان مشخص شده و به کارشناسان ممیزی ابلاغ گردد تا آمادگی لازم را داشته باشند.
3.طرح ممیزی و ارسال طرح مورد نظر که شامل روز و ساعت مشخص انجام ممیزی است و طی این روند زمان مشخص ممیزی به واحدهای مزبور ابلاغ می گردد.
4.برگزاری جلسات ممیزی و تعیین مسئولیت ها برای تک تک افراد توسط مدیر تیم ممیزی.
5.اجرای ممیزی و ثبت تمامی مغایرت ها؛ در طی فرآیند اجرای ممیزی توسط ممیزان داخلی تمامی مستندات و عدم مغایرت ها ثبت می شوند.
6.پایان کار که همان جمع بندی و اختتامیه می باشد که در آن ممیزی داخلی طی برگزاری جلسه ای عدم انطباق ها و مغایرت ها را بررسی نموده و گزارش های لازم به مدیران ارشد سازمان ارائه می شود تا نسبت به رفع عدم انطباق ها اقدامات لازم انجام گیرد.